Sur mandat de la Confédération, le Fonds national suisse (FNS) encourage la recherche dans toutes les disciplines scientifiques, de l'histoire à la médecine en passant par les sciences de l'ingénieur. A la fin de l’année 2017, il finançait 5800 projets auxquels participaient 16’000 chercheuses et chercheurs, ce qui fait de lui la principale institution suisse d’encouragement de la recherche scientifique. Le Secrétariat accompagne et coordonne les activités du Conseil de fondation, du Conseil de la recherche et des Commissions de recherche. ​​Le Secrétariat organise notamment l'évaluation des requêtes de recherche en recourant chaque année aux services de plusieurs milliers d'experts en Suisse et à l'étranger. De plus, il entretient des relations avec des organisations compétentes au plan national et international en matière de politique de la recherche, représente le FNS au sein de divers organismes et veille à une communication publique efficace.